Manhattan, été 1944. Autour de Will, la trentaine, serveur dans un bar, et de Mike, 19 ans, les deux narrateurs du roman, gravite toute une constellation d'amis sans le sou, qui errent dans la chaleur de la ville et font le va-et-vient incessant entre les appartements des uns et des autres, où s'improvisent des soirées improbables. Parmi eux il y a surtout Phil, un gamin de 17 ans à la beauté insolente, qui essaie désespérément d'échapper aux assiduités de Ramsay Allen, dit Al, la quarantaine un peu pathétique, éperdument amoureux de lui depuis ses 13 ans. Partout où va Phil, Al le suit comme son ombre, jamais découragé par les refus du garçon. Pour lui échapper, et par goût de l'aventure, Phil accepte la proposition de son ami Mike : s'embarquer, dès que possible, sur un navire de la marine marchande. L'objectif est d'arriver en France, et de filer vers Paris, la ville des poètes et des artistes qui aura sûrement été libérée d'ici là. Mais le départ tant attendu est chaque jour reporté pour des retards et tracasseries administratives ; et le roman suit la longue attente des deux garçons, leurs errances nocturnes toujours renouvelées, et la tension qui monte avec Al, constamment pendu aux basques de Phil. Alors qu'ils ont un jour enfin trouvé un bateau, ils en sont congédiés au dernier moment. Dépités, ils retrouvent la terre ferme, mais, au petit matin, Phil est introuvable. Il raconte alors à Will puis à Mike que, la veille au soir, excédé par l'insistance d'Al, dans un accès de folie, il l'a tué d'un coup de hachette, avant de jeter son corps au bas d'un immeuble. Le roman se conclut sur la dernière beuverie de Mike et de Phil, qui s'apprête à solliciter l'aide de son oncle haut placé, pour qu'il l'aide à échapper à la justice. Et les hippopotames ont bouilli vifs dans leurs piscines est le premier roman de William Burroughs et Jack Kerouac. Ecrit en collaboration, il se base sur l'histoire vraie d'un de leurs jeunes amis qui, comme Phil, a tué son prétendant. Kerouac et Burroughs, dans la peau de leurs avatars Will Dennison et Mike Ryko, semblent y peaufiner chacun leur style, leur ton, leurs thèmes de prédilection. Burroughs en figure paternelle désabusée, s'occupant de ces jeunes gens irresponsables tout en s'adonnant à ses penchants pour la morphine, Kerouac en jeune homme épris d'aventure, au style faussement familier, en réalité très précis, très écrit. Le charme du roman tient surtout à l'atmosphère légère et grave à la fois de ce New York de l'été 44, peuplé de marins, de soldats en transit, de jeunes gens désoeuvrés, où le temps est suspendu à la fin de la guerre. Dans ces personnages encore indéterminés, animés du désir vague de faire quelque chose, s'embarquer dans une aventure ou écrire un livre – dans ce goût des beuveries et de la marginalité, on retrouve la matrice des oeuvres des deux romanciers de la Beat Generation. Il s'agit d'un document passionnant, qui montre deux écrivains en devenir et évoque un entre-deux qui est à la fois la fin d'un monde et le début d'un autre.
